Często stosowany w diagnostyce boreliozy są testy serologiczne Elisa i  Western Blot. Test Elisa daje dodatnie wyniki tylko u 40 % chorych. Pewniejszym sposobem potwierdzenia boreliozy jest badanie za pomocą testu Western-blot w klasach IgG i IgM. Test Western Blot w klasie IgM wykrywa chorobę u 60% chorych z objawami klinicznymi (badanie w klasie IgG traktowane jest jako kontakt z boreliozą lub przebycie boreliozy), a także  badanie LTT (transformacja limfocytów antygenem Borelii), które wykonywane jest w Niemczech i daje do 70% pewności.

Test bezpośredni z krwi PCR i PCR RT polegający na szukaniu DNA bakterii w badanej krwi, nie jest szeroko stosowany ze względów ekonomicznych oraz częstych wyników fałszywie dodatnich i fałszywie ujemnych. Ponadto dodatni wynik nie pozwala stwierdzić, czy DNA krętkowe pochodzi z żywych czy martwych organizmów, stąd wg naszych doświadczeń wiarygodność tego testu nie przekracza 30%. Medycyna podaje, że  badania serologiczne można wykonać  dopiero po ok.4-6 tygodniach od zainfekowania, gdyż układ immunologiczny musi mieć czas na zorganizowanie obrony i wytworzenie przeciwciał.

Innym bardziej miarodajnym badaniem jest badanie liczby limfocytów CD57, których ilość drastycznie spada przy infekcji bakterią Boreliozy a po całkowitym wyleczeniu powraca do normy. Jest to dobry test do kontroli procesu leczenia Boreliozy.