Należy pamiętać, że testy badające odpowiedź immunologiczną organizmu badają obecność wolnych przeciwciał i pokazują tylko obecność boreliozy we krwi . W przypadku kiedy borelioza przedostanie się do kości, centralnego układu nerwowego, mózgu, móżdżka, rdzenia kręgowego, do  peryferyjnego  układu nerwowego, układu hormonalnego  (zwana w terminologii medycznej jako  „neuroborelioza”) to żadne z wymienionych  tego typu testów  jej nie wykryją.

Wielu pacjentów nie wie, że testy serologiczne, a szczególnie test wolnych przeciwciał IgG i IgM określa nie tylko obecność boreliozy we krwi, ale również często daje wynik dodatni przy toksoplazmozie, marskości wątroby (virus hepatit C- WZW), wirusie Epstein Barr, RZS, SM, nadczynności tarczycy, łuszczycy oraz w różnych postaciach przy nowotworach złośliwych, w tym chłoniakach nieziarnicznych, raku jelita grubego, raku głowy i szyi, oraz raku piersi.

Przeciwciała IgM na boreliozę często zanikają samoistnie (bez leczenia) po ok. 6-8 tygodniach (Borelia przechodzi w tzw. stan uśpiony), natomiast przeciwciała IgG pojawiające się po ok. 4 tygodniach od zarażenia  widoczne  są do momentu całkowitego wyleczenia z boreliozy.